生態分院長期致力于水生態環境治理研究，通過組建科研團隊，建立生態科研基地，充分發揮分院高技術人才專業優勢，深度參與武漢市及湖北省內水生態治理、修復、保護、和利用，承擔了數十項水生態修復、治理工程。

生態分院可承接業務領域廣泛，包括河湖生態修復、棲息地修復、生態監測與評估（河流、湖泊、濕地、保護區等）、水域生態管護等。業務類別覆蓋專項規劃、可行性研究、初步設計、施工設計、運維管護等。